Chi cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thuỷ sản tỉnh Yên Bái trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Yên Bái, được thành lập theo Quyết định số 66/QĐ-UBND ngày 21 tháng 01 năm 2010 của Ủy ban nhân dân tỉnh Yên Bái. Ban đầu, Chi cục gồm 03 phòng: Phòng Quản lý Chất lượng nông, lâm và thủy sản; phòng Thanh tra; phòng Hành chính – Tổng hợp; Tổng số cán bộ có 10 người. Trong đó: 01 Chi cục trưởng, 02 Phó chi cục trưởng, 3 trưởng phòng, 4 nhân viên. Đến năm 2012 đơn vị được tăng cường thêm 6 cán bộ, nâng tổng số cán bộ của đơn vị là 16 người (15 biên chế và 01 hợp đồng 68).

Ngày 01 tháng 9 năm 2016, Ủy ban nhân dân tỉnh Yên Bái ban hành Quyết định số 1832/QĐ-UBND về việc kiện toàn Chi cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Yên Bái. Đồng thời, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Yên Bái ban hành Quyết định số 379/QĐ-SNN ngày 15 tháng 11 năm 2017 về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi cục.

Chi cục có tổng số biên chế được giao là 18 người (16 biên chế, 02 hợp đồng 68). Lãnh đạo đơn vị có Chi cục trưởng, 03 phó chi cục trưởng và 03 phòng (Phòng hành chính tổng hợp; Phòng quản lý chất lượng, chế biến thương mại nông sản; phòng Thanh tra – pháp chế).

Ngày 27 tháng 8 năm 2018, Sở NN và PTNT ban hành Quyết định số 90/QĐ-SNN Sát nhập các phòng thuộc chi cục QLCL NLS và TS. Hện nay Chi cục có 2 phòng: Phòng HC-TH, phòng QLCL chế biến thương mại nông sản.